I giochi sono ambientati due anni dopo gli eventi di Pokémon Nero e Bianco. Durante questo tempo, Unima è cambiata radicalmente: le zone settentrionali e orientali di Unima sono state ricoperte da un grande ghiacciaio a causa di Ghecis, tornato ad essere il capo del Team Plasma, che mira a congelare tutta Unima con i poteri di Kyurem. Lo stesso Team è stato completamente rinnovato, con l'arrivo di un nuovo comandante: Acromio. Sono state introdotte nuove Palestre e nuovi Capipalestra e il Pokédex di Unima è stato ampliato per includere Pokémon stranieri nel Pokédex Regionale, esattamente come in Pokémon Platino. Inoltre, Bianca è diventata l'assistente della Professoressa Aralia e, oltre a Kyurem Nero e Kyurem Bianco, saranno presenti le nuove forme dei Pokémon leggendari Tornadus, Thundurus e Landorus: le loro forme Totem. Tra le nuove mosse figurano gli attacchi Elettrogelo e Vampagelida.
It's been a long time coming... Almost there.