I Persona sono una parte dell'anima di un individuo in grado, se evocati, di materializzarsi sotto forma di umanoidi, mostri o demoni, che combattono per il proprio evocatore. Di solito il metodo di evocazione consiste nello spararsi in testa con la pistola Evoker. Il protagonista scopre di non essere l'unico dotato di questo particolare potere; nella sua scuola infatti vi è un gruppo, lo Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) che combatte contro gli Shadows, supportato dal Kirijo Group, una misteriosa azienda. Nel tempo altri personaggi si aggiungono al team andando a creare il gruppo effettivo del gioco, di cui il protagonista diventa il leader: Junpei (che, come il protagonista, ha da poco scoperto la sua capacità di evocare il suo Persona), Akihiko il cui braccio ferito in uno scontro gli impedisce di combattere come vorrebbe, e Fuuka di fatto il "membro di supporto" del team.
Il protagonista viene informato dell'esistenza della cosiddetta Dark Hour, un periodo di tempo fra la fine di un giorno e il successivo (mezzanotte e l'una), durante il quale gli Shadow si nutrono delle menti delle persone inconsapevoli: soltanto a poche persone, gli eletti in grado di evocare i Persona, è concesso di opporsi mentre le persone normali sono trasformate in oggetti cristallizzati simili a bare tramite un processo chiamato Transmogrification (una persona in questo stato non è cosciente di niente di ciò che accade nel mondo). Durante la Dark Hour il team penetra in una torre chiamata Tartarus, abitata dagli Shadow. Il protagonista inoltre incontra nella Velvet Room (un regno a metà fra "sogno e realtà", in cui viene trasportato subito dopo il primo risveglio del Persona) Igor, proprietario della stessa, che gli rivela la sua abilità (unica nel genere e nel gruppo SEES) di poter evocare più di un Persona durante la battaglia. Igor sprona inoltre il protagonista a socializzare all'interno della scuola per poter formare quelli che lui chiama Social Links, che influiranno direttamente sull'abilità combattiva del Persona.
Durante una notte di luna piena Tatsumi Port Island è attaccata da uno Shadow molto più potente di quelli finora trovati e sconfitti dentro Tartarus, e il protagonista e i suoi compagni scoprono la vera natura della torre e della Dark Hour. Infatti dieci anni prima il nonno del protagonista aveva condotto una serie di esperimenti sugli Shadow per ottenerne l'immenso potere. Tuttavia fallì nel proprio intento, e migliaia di Shadow riuscirono a scappare e ad assemblarsi in creature più grandi e potenti, fino alla formazione dei Dodici Grandi Shadow. Shuji Ikutsuki, preside della scuola e leader del gruppo SEES, rivela allora che se il team riuscirà a sconfiggere i Dodici, Tartarus e la Dark Hour spariranno per sempre.
Ho inizato a giocarci pochi giorni fa, devo dire che lo trovo stupendo.
Cioè, bella la trama, il sistema di combattimento pure, l'unica cosa che mi dispiace è il "limite" di gioco dato dai giorni, ma credo sia un fatto irrilevante xD
Seriamente, compratelo (...SEH) tutti, merita davvero.